我国《刑事诉讼法》对公、检、法三机关干部的职能管辖作了明确的规定，但是在实际执行过程中，有时仍会出现职能管辖交叉的问题。如何处理这些问题，仍是职能管辖所要解决的问题之一。在司法实践中，职能管辖交叉的情况主要有两种：

　　(1)案发时一案涉及到数个罪名，人民检察院和公安机关都有管辖权的，对此，检察院和公安机关应当协商解决，确定由哪一机关行使管辖权。对于数罪中能够分清主罪与次罪的，原则上对主罪有管辖权的机关进行立案侦查;在一时难以分清主次罪的情况下，可以由接受报案、控告、举报和犯罪人自首的机关立案侦查，也可以由一个机关受理后几个机关联合进行侦查。

　　(2)公、检、法三机关按照其职能管辖范围受理案件后，在侦查和审理案件的过程中，又发现犯罪嫌疑人或被告人犯有不属于自己管辖的罪行的，应当分不同的情况分别进行处理：检察院和检察机关受理的刑事案件，发现被告人有新罪行的，不管该罪行依法属于哪个机关管辖，都由立案侦查的机关合并侦查;人民法院直接受理的自诉案件，发现被告人有新罪行的，应作为另一案件而移送到有管辖权的检察院或者公安机关，不宜合并管辖。