与行政赔偿程序因单独或者一并提出赔偿请求而分为两种不同，国家赔偿法规定的司法赔偿程序限于单独提出赔偿请求一种。因此，侵权行为的确认程序就成为司法赔偿程序的首要环节。

　　司法赔偿请求人提起司法赔偿请求，应当以具有法定的司法损害事实，即司法机关依法确认发生了错拘、错捕、错判以及其他违法行使职权的损害事实为前提条件。司法侵权行为的确认的途径主要有：

　　(1)错误拘留，由公安机关、安全机关等行使侦查权的机关通过释放证明的方式自行认定，或者由人民检察院作出不批准逮捕的决定予以确认，释放证明和不批准逮捕的决定本身就是拘留错误的证明。

　　(2)错误逮捕，由人民检察院自行认定或者由人民法院作出的无罪判决确认。

　　(3)错误判决，由人民法院通过审判监督程序作出的无罪判决确认。

　　(4)对因刑讯逼供等暴力行为或违法使用武器、警械造成伤害或者死亡后果的，其损害事实可由实施上述违法行为的工作人员所在的机关或其上级机关确认;在受害人自诉的情况下，也可以由人民法院自行确认。赔偿义务机关拒绝确认的，实际上意味着拒绝赔偿，受害人可以申请复议。

　　(5)对司法机关违法扣押、冻结、查封、追缴财产，或者违法采用对妨害诉讼的强制措施、保全措施或者对生效法律文书执行错误造成的损害，由作出该行为的机关或其上级机关确认。

　　(一)人民检察院的司法赔偿确认程序

　　根据《人民检察院刑事赔偿工作暂行规定》(1997年11月18日颁布实施)规定，人民检察院在办理刑事赔偿案件中确认违法的程序规则是：

　　1.视为违法确认的情形。在这种情况下，受害人无须单独提出确认申请，确认程序也无单独进行的必要。

　　有下列法律文书或证明材料的，应视为请求赔偿的被侵权事项已依法确认：

　　(1)人民检察院撤销拘留决定书、撤销逮捕决定书、撤销案件决定书、不起诉决定书、复查纠正决定书等法律文书，或者公安机关撤销案件予以释放的证明书、人民法院宣告无罪已经发生法律效力的判决、裁定书等法律文书;

　　(2)对检察机关工作人员在行使职权中刑讯逼供或者以殴打等暴力行为或者唆使他人以殴打等暴力行为以及违法使用武器、警械造成公民身体伤害、死亡，作出处理决定的文书;

　　(3)对采取查封、扣押、冻结、追缴财产等措施认定为违法的文书。

　　2.确认申请的受理。人民检察院按照内部的业务分工，由有关业务部门受理确认申请，提出侵权事实是否存在的意见，移送刑事赔偿工作办公室。经刑事赔偿工作办公室审查并报检察委员会决定后，制作《刑事确认书》，送达赔偿请求人。

　　3.申诉。赔偿请求人对被要求的人民检察院不予确认的，有权向其上一级人民检察院提出申诉。对不予确认的申诉，上一级人民检察院可以自行复查，也可以责成下级人民检察院复查。对不予确认的申诉，经复查认定侵权事实存在的，予以确认;侵权事实不存在的，驳回申诉。

　　请求赔偿的被侵权事项经依法确认后，负有赔偿义务的人民检察院应当依照国家赔偿法和有关规定及时进行处理。

　　(二)人民法院的司法赔偿确认程序

　　根据《最高人民法院关于审理人民法院国家赔偿确认案件若干问题的规定(试行)》(2004年8月10日发布，2004年10月1日起施行)规定，人民法院实施侵权行为的确认程序中的主要问题是：

　　1.管辖。申请确认由作出司法行为的人民法院受理，但申请确认基层人民法院司法行为违法的案件，由中级人民法院受理。

　　2.立案。人民法院受理确认申请的一般条件是：(1)确认申请人应当具有国家赔偿法第18条规定的国家赔偿请求人资格;(2)有具体的确认请求和损害事实、理由;(3)确认申请人申请确认应当在司法行为发生或者知道、应当知道司法行为发生之日起2年内提出;(4)属于受理确认申请的人民法院管辖。

　　具有下列情形之一的确认申请，不予受理：(1)依法应当通过审判监督程序提出申诉或者申请再审的;(2)申请事项属于司法机关已经立案正在查处的;(3)人民法院工作人员的行为与行使职权无关的;(4)属于民事诉讼法第214条规定情形的;(5)依法不属于确认范围的其他情形。

　　人民法院应当在收到确认申请之日起7日内决定是否立案。审查立案时，发现缺少相关证据的，可以通知确认申请人7日内予以补充。

　　确认申请人对不予受理决定不服的，可以在收到不予受理决定书之日起15日内，向上一级人民法院申请复议。上一级人民法院应当在收到复议申请之日起30日内作出是否受理的决定。

　　3.审理。主要规则是：

　　(1)合议庭。人民法院审理确认案件应当组成合议庭。

　　(2)审理方式。合议庭决定进行书面审理或者进行听证。上级人民法院审理确认案件举行听证的，下级人民法院应当参加听证。确认申请人无正当理由不参加听证的，视为撤回确认申请。原作出司法行为的人民法院有义务对其行为的合法性作出说明。

　　(3)期限。人民法院审理确认案件，应当自送达受理通知书之日起6个月内作出裁定。需要延长期限的，报请本院院长批准可以延期3个月。

　　4.裁定。人民法院确认或者不予确认违法行使职权的，应当制作裁定书。确认违法的，应同时撤销原违法裁决。人民法院对本院司法行为是否违法作出的裁定书由院长署名;上级人民法院对下级人民法院司法行为是否违法作出的裁定书由合议庭署名。

　　5.申诉。人民法院受理确认申请后，超过审理期限未作出裁决的，申请人可以在期满后30日内向上一级人民法院提出书面申诉。上一级人民法院应当在收到确认申诉书之日起3个月内指令下级人民法院限期作出裁定或者自行审理。自行审理需要延长期限的，报请本院院长批准可以延期3个月。

　　最高人民法院对各级人民法院、上级人民法院对下级人民法院作出的确认裁定认为确有错误的，可以直接作出确认，也可以指令下级人民法院或者其他同级人民法院重新确认。