马德里商标是根据《商标国际注册马德里协定》一个国际间的协定性注册保护。目前成员国呢超过100个。你可以通过一次注册,在选取并且注册成功的成员国全部受到保护。缺点呢,当然是各个国家文字不同,海关稽查起来比较困难,商标受保护的力度就比较弱,所以更适宜战略性覆盖保护。
单独注册由于你是把商标递交给申请国当地商标局去直接申请,保护力度当然是最强的。假如你只有很少的几个国家要注册,并且都是很重要的出口地的话,单独注册就比较适合了。
选的话各有有劣,关键要看你的实际情况和要达到的目的。当然,如果要注册的国家确实非常多呢,两者结合起来使用才是最经济的。