一、 赔偿确认程序的缺陷

　　当事人要求司法赔偿，必须先确认有关机关行为违法，未经确认不能进入申请程序。确认已经成为受害人获得赔偿的重大障碍。虽然，《国家赔偿法》事实上赋予了司法赔偿义务机关对司法行为的终局确认权，但由于对确认主体的设定违背了程序正义的基本要求，即：任何人不得成为自己案件的法官，所以确认结果的公正性难以保证。加上法律未对确认期限和确认责任做出规定，赔偿委员会及其办公室没有确认权，使得相当多的司法侵权事实行为得不到确认。

　　二、 赔偿委员会的设置的缺陷

　　司法赔偿程序在世界各国没有统一模式。我国司法赔偿程序应当包括确认程序、申请程序、协议程序、复议程序、决定程序。但由于司法机关本身，特别是致害机关本身解决侵权赔偿案件的损害赔偿问题，难免有“官官相护”之嫌。我国的司法损害赔偿不能完全由司法机关解决，只能由司法机关作为前置程序，受害人以司法机关的赔偿决定不服，应当向独立于司法机关之外的机构申请作出赔偿决定，其名称为“司法赔偿评审委员会”，隶属于人大常委会的法律委员会。但是《国家赔偿法》关于赔偿委员会的性质没有定位。赔偿委员会是否为法院的审判机构，有何权利，这种既不是审判委员会，也不是合议庭的机构是否常设，单独设置还是合并设置等等涉及司法赔偿案件审判机构的根本问题极不明确。

　　三、 赔偿委员会审理案件时审判监督中的缺陷

　　《国家赔偿法》施行后，最高人民法院先后颁布了《人民法院赔偿委员会审理赔偿案件程序的暂行规定》和《最高人民法院关于刑事赔偿和非刑事司法赔偿案件立案工作的暂行规定(试行)》，对赔偿案件的审理程序和立案工作加以规范。但是，对于赔偿委员会的决定生效后，如果原决定确有错误，必须改变原决定的，应当按照何种程序处理缺乏具体而明确的规定。

　　另外，我国三大诉讼法均把公开审判作为基本诉讼制度确定下来，而最高人民法院《人民法院赔偿委员会审理赔偿案件程序的暂行规定》第13条规定：赔偿委员会审理案件依法不公开进行。这与公开透明的现代司法理念是相冲突的。虽然司法赔偿适用决定程序，有别于诉讼程序，但仍不能违背公开这一基本的司法原则。