组织、领导、参加恐怖组织罪，是指组织、领导或者参加恐怖组织，危害公共安全的行为。本罪侵犯的客体是公共安全。客观方面表现为组织、领导或者参加恐怖组织的行为。所谓“恐怖组织”是指以制造社会恐怖为主要目的，具有较为紧密的组织结构形式，专门进行恐怖犯罪活动的组织。犯罪主体是一般主体。主观方面是故意，组织、领导的行为是直接故意，而参加的行为既可以是直接故意，也可以是间接故意。

在认定这类案件性质时，需要注意以下三个问题：

1．区分组织、领导、参加恐怖组织罪与一般有组织犯罪的界限。恐怖组织通常有自己的政治或者社会目的，行为人只要具有组织、领导参加恐怖活动组织行为之一的，就构成犯罪，而并不要求在恐怖组织中从事了具体犯罪；一般有组织犯罪没有政治或者社会目的，而且是依据所实施的具体犯罪来定罪。

2．区分组织、领导、参加恐怖组织罪与组织、领导、参加黑社会性质组织罪的界限。黑社会性质组织是有组织地进行违法犯罪活动，称霸一方，为非作恶，欺压残害群众，严重破坏经济和社会生活秩序的行为。

3．本罪是选择性罪名，行为人只要实施了组织、领导、参加三种行为之一的，就构成本罪。如果行为人实施了上述两种以上的行为，仍然只认定为一罪，不实行数罪并罚。

根据刑法第120条、《刑法修正案(三)》第3条的规定，组织、领导恐怖活动组织的，处10年以上有期徒刑或者无期徒刑；积极参加的，处3年以上10年以下有期徒刑；其他参加的，处3年以下有期徒刑、拘役、管制或者剥夺政治权利。如果行为人不仅组织、领导或者参加恐怖活动组织，还实施了杀人、爆炸、绑架等犯罪的，则要依照数罪并罚的规定处罚。