《医疗事故处理条例》规定不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任。
《条例》第四十九条第二款规定：“不属于医疗事故的，医疗机构不承担赔偿责任”。《条例》这一规定与《民法通则》相违背。《民法通则》第一百零六条第二款关于“公民、法人由于过错……侵害他人财产、人身的，应当承担民事责任”的规定，是我国民法确立的对侵权行为造成损害予以救济的基本原则，也是法治社会对人权提供的最基本的法律保障，作为行政法规的《条例》却与《民法通则》的规定相抵触。

与 《条例》不同的是，打医疗过错赔偿所依据的赔偿标准是与其他一般人身损害赔偿的标准是一致的，非常有利于保障患者的权利。

有些地方的高院针对《医疗事故处理条例》中规定的不足，规定了在计算医疗损害赔偿中对“必要的营养费以及因确需康复护理、继续治疗发生的必要的康复费、护理费、后续治疗费的数额，依据《最高人民法院关于审理人身损害赔偿案件适用法律若干问题的解释》确定”。