从我国目前的鉴定体制来看，医疗纠纷的鉴定主要有两种方式：一是医学会鉴定专家组进行的医疗事故技术鉴定即医疗鉴定；二是通过司法鉴定部门进行的因果关系鉴定即司法鉴定。由于二者的启动程序、鉴定人员的组成、鉴定方式、鉴定内容不尽相同，必然导致两种鉴定结论在诉讼中的“公信力”相差巨大，所以就二者之间的关系进行简单的论述和比较。希望在患者及其家属在明确各方面利弊的情况下，做出取舍和选择，最大限度的维护自己的合法权益。
一、启动程序不同
首先，应当说鉴定是一种“被动”的行为。它是鉴定组织应纠纷双方或纠纷处理部门的要求，对纠纷中的一些专门性问题进行科学的分析、理性的判断，最后得出结论性意见的行为。因此，任何鉴定都存在鉴定启动的问题，即谁有权委托鉴定组织进行鉴定。根据《医疗事故处理条例》的规定，医学鉴定由卫生行政部门委托或医患双方当事人共同委托两种启动方式。前者属于行政鉴定，解决的是行政处理医疗纠纷中的专门性问题，即是否属于医疗事故的问题和赔偿调解问题。后者属于自行委托的鉴定，其作用在于给双方当事人一个“判定的标准”。
司法鉴定是独立于自行委托鉴定和行政鉴定之外的一种鉴定。目前根据我国法律和相关司法解释的规定，司法鉴定的启动一般是由双方当事人申请或法律服务机构申请，委托社会上依法设立的司法鉴定机构进行鉴定。司法机关对案件中的专门性问题认为需要鉴定的，也可以指令或直接委托专门司法鉴定机构进行鉴定。
因此，从比较医疗鉴定与司法鉴定的启动程序可以看出，二者的启动程序是不同的。由于司法处理是目前法制国家认同的所有纠纷最终救济途径，司法处理具有绝对的权威性。加之司法鉴定在启动之前，双方的医疗纠纷已经起诉至法院，法官对于案件的全部情况有比较清楚的认识和了解，对于案件中存在的疑难问题、专业技术问题以及法律问题都有比较全面的认识，显然法官委托鉴定可能有更强的针对性，提供的材料更加客观、真实、全面。因此，从鉴定程序的启动上看，司法鉴定优于医疗鉴定。
二、鉴定人员的组成不同
根据《医疗事故处理条例》的规定，省、市两级医学会分别组建辖区范围内的医学专家库，由双方当事人从专家库中抽签选择医学专家参加医学鉴定，鉴定人员是都具有高级技术职称的医学专家。
而司法鉴定是由司法鉴定机构组织两名以上具备司法鉴定人资格的法医学专家主持鉴定，同时可特邀或聘请临床医学专家参加鉴定。
医学鉴定和司法鉴定都有临床医学专家的参与，所不同的是，参加鉴定的医学专家数量的多少和在鉴定中的主次地位。因此，医学鉴定、司法鉴定各有利弊。但是，鉴定毕竟是一项法律服务的特殊工作，有特殊的鉴定思维和鉴定方法。这其中还涉及法律问题、证据审查和甄别以及事实认定等问题。因此，单纯的临床医学专家开展鉴定很难让鉴定做得完美。
三、鉴定的组织者不同
鉴定是一种依照法律规定，有组织、有秩序进行的社会行为。强调鉴定的法律程序性，不得违反公平、公正和科学的原则，任何影响公正的因素都可能影响鉴定的效力。因此，鉴定的组织者也是鉴定中的一个重要因素。
根据《医疗事故处理条例》和《医疗事故技术鉴定暂行办法》的规定，医学鉴定由医学会负责组织。一方面医学会组建本辖区的专家库；另一方面，由医学会设立医学鉴定办公室承担鉴定事务。医学会在整个医学鉴定过程中扮演了组织者的角色。
司法鉴定的组织者是司法鉴定机构，其在鉴定中的功能与作用，与医学会相比并没有明显的差别。但是司法鉴定机构与医学会二者，在与医疗机构的关系上却有明显的不同。
医学会虽然是一个独立的社会团体，但他由于在卫生行政机关挂靠，由政府出资设立，并由当地卫生行政官员管理，实质上它与卫生行政机关及医疗机构有着千丝万缕的联系，一些医疗机构及其医务人员就是医学会的会员（单位）。而司法鉴定机构隶属于不同的司法机关，是在司法行政机关登记注册并受其监督的公益性社会组织，其与医疗机构的组织关系相对松散，受到医疗机构的影响相对较少。因此，在医疗事故处理的过程中受到患者及其家属的青睐。