在哪些情况下，违反《计算机信息系统安全保护条例》的规定，由公安机关处以警告或者停机整顿？ 根据《计算机信息系统安全保护条例》第二十条规定，违反本条例的规定，有下列行为之一的，由公安机关处以警告或者停机整顿：
(一)违反计算机信息系统安全等级保护制度，危害计算机信息系统安全的；

(二)违反计算机信息系统国际联网备案制度的；

(三)不按照规定时间报告计算机信息系统中发生的案件的；

(四)接到公安机关要求改进安全状况的通知后，在限期内拒不改进的；

(五)有危害计算机信息系统安全的其他行为的。