通过一年的运作，这5家代开票单位不断发展，业务开拓情况也比较好，全年实现销售合计436万元，并由当地代开票机构代扣代缴企业所得税14.388万元。
我国税法规定，新办物流企业可以享受一定年限的企业所得税优惠。因此，2006年2月24日，我们向主管税务机关提出了享受有关税收优惠的申请。当我们的申请提出以后，问题出来了：由于新办企业在国税机关管理，而代开票时代扣代缴的企业所得税却是地税局，所以当我们向国税局申报退税时，国税局认为他们没有收到申请企业的税款而无法退税；而地税局则认为虽然他们代收了税款，但是他们没有管理权限，也不好退税。
请问，税法规定企业可以享受的税收优惠，税务机关为什么不给我们办？另外，我公司下属的子公司大部分在一个省内，从强化管理的角度讲，如果集中管理比较好，那么我们是不是可以申报集中缴纳企业所得税？
某物流企业财务经理章小泉
答：你来信反映的是目前税务管理实践中的一个普遍问题。目前国家税务总局已经先后发文予以解决。但是，作为纳税人应当注意把握其政策要点。
第一，新办企业物流企业享受税收优惠需要符合一定条件。
作为纳税人，你首先应当注意把握新办企业的条件。根据《财政部、国家税务总局关于享受企业所得税优惠政策的新办企业认定标准的通知》（财税〔2006〕第001号）规定，只有同时符合以下两个条件的企业才能被认定为新办企业，享受企业所得税定期减税或免税：一是按照国家法律、法规以及有关规定在工商行政主管部门办理设立登记、新注册成立的企业。二是新办企业的权益性出资人（股东或其他权益投资方）实际出资中固定资产、无形资产等非货币性资产的累计出资额占新办企业注册资金的比例一般不得超过25％。
其次，应注意本企业的行业特点。根据《税收减免管理办法（试行）》（国税发〔2005〕第129号）规定，对于位于西部地区包括重庆市、四川省、贵州省、云南省、陕西省、甘肃省、青海省、西藏自治区、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区、新疆生产建设兵团、内蒙古自治区、广西壮族自治区、湖南省湘西土家族苗族自治州、湖北省恩施土家族苗族自治州、吉林省延边朝鲜族自治州的新办交通运输企业可以享受“两免三减半”的税收优惠，但是必须具备以下条件：一是主营业务收入占企业总收入70%以上；二是交通企业是指投资新办从事公路、铁路、航空、港口、码头运营和管道运输的企业；三是申报享受减免税应当注意申报程序。
第二，新办物流企业的所得税减免有了操作性措施。《国家税务总局关于货物运输业新办企业所得税退税问题的通知》（国税函〔2006〕第249号）规定：由国家税务局负责征收管理企业所得税，但由地方税务局负责代开货物运输发票并统一代征税款的货物运输业代开票纳税人，其按照法律法规规定应退的企业所得税，退税事项由主管国家税务局办理，可直接抵缴该纳税人次年应纳企业所得税，也可在汇算清缴后办理退税，退税额不超过纳税年度主管国家税务局对其已征的企业所得税税额；超出部分，由代开货物运输发票的地方税务局办理退税事项。上述纳税人的退税事项在每年汇算清缴时予以结算办理。在具体操作过程应当提醒纳税人注意的是，国税函〔2006〕第249号文件明确，根据《国家税务总局关于印发〈核定征收企业所得税暂行办法〉的通知》（国税发〔2000〕38号）有关规定，对实行核定征收企业所得税的纳税人，因代开货物运输发票而缴纳的税款，主管税务机关不予退税。因此你单位应当强化下属子公司的财务核算，保证有关企业实行查账征收，否则即使是新办的物流企业，也不能享受新办企业免税优惠。
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