1.因资质问题而产生的纠纷：根据《建筑法》和建设部《建筑企业资质管理规定》等关于建筑施工企业从业资格的规定，从事建筑活动的建筑施工企业应具备相应的资质，在其资质等级许可的范围内从事建筑活动。禁止建筑施工企业超越本企业的资质等级许可的业务范围承揽工程。禁止施工企业向无质资或不具备相应质资的企业分包工程。
2.因履约范围不清而产生的纠纷：在施工实践中，总包单位与分包商之间因履约范围不清而发生纠纷的现象屡见不鲜。例如：一个分包合同中约定，由总包单位提供垂直运输设备，但在具体施工时，总包单位只提供汽车吊而不提供塔吊。尤其是在基坑开挖过程中，垂直运输设备对工期的影响巨大，如果不利用塔吊，分包商很有可能无法完成工期目标，但汽车吊也属于垂直运输设备，因此，很难认定总包单位违约。造成履约范围不清的主要原因是分包合同条款内容不规范、不具体。分包合同订立的质量完全取决于承包人和分包商的合同水平和法律意识。若承包人、分包商的合同水平和法律意识都比较低或差异大时，则订出的合同内容不全，权利义务不均衡。所有这些都在以后施工过程中产生的纠纷埋下伏笔。因此，在订立分包合同时，应严格按照《分包合同示范文本》的条款进行订立。
3.因转包而产生的纠纷：转包是指承包单位承包建设工程，不履行合同约定的责任和义务，将其承包的全部建设工程转给他人或将其承包的全部建设工程肢解后以分包的名义分别转给其他单位承包的行为。建设工程转包被法律所禁止。《合同法》272条，《建筑法》28条，《建设工程质量管理条例》25条都规定禁止转包工程。施工企业在转包工程中的收益如何处理？如果案件没有诉讼到法院，或者国家建设行政管理部门也没有发现违法转包问题，施工企业违法转包的收益可能留在企业，一旦产生争议起诉到法院，法院将依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件的适用法律问题的解释》4条，《民法通则》134条规定收缴当事人所取得的非法所得。
二、建设工程劳务分包合同中的纠纷及预防
（一）建设工程劳务分包企业的资质要求
建设部在《建筑业劳务分包企业资质标准》中对劳务作业分包的种类及各种类企业的资质标准作出了明确的规定。其中劳务作业分包包括13种，即：（1）木工作业（2）砌筑作业（3）抹灰作业（4）石制作（5）油漆作业（6）钢筋作业（7）混凝土作业（8）脚主架作业（9）模板作业（10）焊接作业（11）水暖电安装作业（12）钣金作业（13）架线作业。每种作业的承包人都分别应具备相应的资质等级标准及作业的具体范围。例如：一级木工企业作业可承担各类工程的木工作业分包业务，但单项业务合同不得超过企业注册资本金的5倍。
根据以上规定，建筑企业项目负责人在授权对外签定劳务分包合同时，一定要严格审查：劳务分包企业的工商登记、注册资本、、经营范围、及企业劳务作业的资质等情况，以免签定无效的劳务分包合同，产生不必要的劳务分包纠纷。
（二）建设工程劳务分包合同因资质问题而无效产生的风险
如果建筑企业项目部没严格审查或疏忽审查或明知劳务分包企业无相应的资质或超过其相应资质应当承担的劳务作业的工程量而签定劳务作业合同，都将被判定为无效的劳务分包合同。如果劳务分包企业完成的劳务工程量质量合格，自然不会有风险。当由于劳务分包企业的资质原因，造成完成的工程量不合格的，项目部所在的企业将独立的向工程发包人承担责任。如果在企业项目部和劳务分包企业签定劳务分包合同时，由于双方在签定劳务分包合同时，对资质问题或超资质范围问题都是明知的，那么根据《合同法》58条规定“双方都有过错的，应当各自承担相应的责任”的规定，项目部所在企业和劳务分包企业要承担损失。承担损失的多少法院要根据双方的过错程度、主客观原因判定。
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