专利合同纠纷应由哪些部门处理？ 从我国《专利法》规定处理合同纠纷的方式看，主要有三种方式，一是调解，二是仲裁，三是诉讼。由于调解并不发生法律效力，因此，国家并未专门设置调节合同纠纷的机构。可见，处理合同纠纷的机构就只有进行仲裁的仲裁机构和进行诉讼的人民法院。