债务重组是建立在债权人与债务人达成协议，或法院裁决同意债务人修改债务条件的基础上的事项，债权人由此造成的损失将无法收回，因此在会计上被确认为重组损失，这部分损失实际上就是债权人在重组日确认的一笔坏账，基于重组业务的特殊性，直接在“营业外支出”列支，而不在“管理费用”或“坏帐损失”列支。税收上本着实事求是的原则，承认该项损失。当该笔损失具备了《企业所得税税前扣除办法》第四十七条对坏账确认的条件(如应收账款已逾期3年未收回)时，经主管税务机关批准，允许在所得税前扣除。
第三种情形属于债务人确认的重组损失。按照现行税法规定，债务人以非货币性资产抵偿债务应“视同销售”，按照公允价减去账面价值的差额调增当期应纳税所得额，与此同时，对债务人确认的重组损失不能在税前扣除。这主要是由于，债务人发生的重组损失不同于资产转让损失(会计上按资产账面价值结转)。值得一提的是，债务重组多见于关联企业之间，如果允许债务人在税收上承认重组损失，这将会成为税法的一个漏洞，而被纳税人从避税的角度加以利用。所以，2003年1月23日发布的《企业债务重组业务所得税处理办法》严格规定了债务重组损失的确认条件，例如，债权人“应收账款”账面价值200000元，重组协议规定，债务人以一批账面价值180000元、公允价(或计税价)200000元的产品清偿债务，增值税税率为17%。此时，债务人在会计上确认的重组损失为：200000-180000-200000×17%=-14000(元)。税收上，债务人应确认转让所得20000元，重组损失14000元不得在税前扣除。该笔业务合计应调增所得额34000元。
(二)债务重组收益的所得税处理
会计上确认“资本公积——其他资本公积”的情形有三种：
一是债务人以低于应付债务的现金资产偿还债务，支付的现金低于应付债务账面价值的差额，计入资本公积;
二是债务人以非现金资产抵偿债务的，用以抵偿债务的非现金资产的账面价值和相关税费之和小于应付债务账面价值的差额，作为资本公积;
三是以修改其他债务条件进行债务重组的，如果重组应付债务的账面价值大于未来应付金额，减计的金额作为资本公积;债务人涉及或有支出的，应将或有支出包括在未来应付金额中。结清债务时，如果或有支出未发生，应将该或有支出的原估计金额作为资本公积。
债务人通过债务重组通常情况下会获得收益，按照准则的要求，这部分重组收益不计入损益，而直接计入资本公积处理。另外，债务人以非现金资产偿还债务有时会发生损失。这在前面已作讨论。现将会计上确认“资本公积——其他资本公积”的三种情形的所得税处理分析如下：
第一，债务人以现金资产偿还债务形成的资本公积。由于债务重组是基于双方协商一致的基础上，重组后，支付的现金低于应付债务账面价值的差额不再支付。这部分差额实际上属于“因债权人缘故确实无法支付的应付款项”。按照现行所得税法的规定，应作为“收入总额”中的“其他收入”，直接调整当期应纳税所得额。
第二，债务人以非现金资产抵偿债务形成的资本公积。这部分资本公积，从税收的角度可以分成两部分：-是资产转让收益;二是其“差额”超过资产转让收益部分的债务重组收益。资产转让收益应当调整应纳税所得额，确认资产转让所得;债务重组收益，则应当作为“收入总额”中的“其他收入——因债权人缘故确实无法支付的应付款项”处理。因此，对整个资本公积部分应全额调增当期所得。这里，还有一种较为特殊的情况，即资本公积小于资产转让所得。例如，债权人应收账款的账面价值为234000元，债务人以账面价值180000元、公允价210000元存货清偿，增值税税率为17%，则债务人确认的资本公积为：234000-180000-210000×17%=18300(元)，小于资产转让所得30000元(210000-180000)。这是由于资产转让所得30000元与重组损失11700元(210000十210000×17%-234000)相抵消的结果。由于债务人发生的重组损失不得扣除，因此应以资产转让所得作为重组所得，即调增所得额30000元，而不是18300元。
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