国防专利纠纷的处理根据《国防专利条例》(以下简称《条例》)的规定，国务院有关主管部门、中国人民解放军有关主管部门和各省、自治区、直辖市的国防科学技术工业管理部门应当指定一个机构管理国防专利工作，并通知国防专利机构。该管理国防专利工作的机构在业务上受国防专利机构指导。 　　承担国防科研、生产任务以及参与军事订货的军队单位、国务院履行出资人职责的企业和国务院直属事业单位，应当指定相应的机构管理本单位的国防专利工作。 　　国防专利机构应当事人请求，可以对下列国防专利纠纷进行调解： 　　(一)国防专利申请权和国防专利权归属纠纷; 　　(二)国防专利发明人资格纠纷; 　　(三)职务发明的发明人的奖励和报酬纠纷; 　　(四)国防专利使用费和实施费纠纷。 　　除我国《专利法》和《条例》另有规定的以外，未经国防专利权人许可实施其国防专利，即侵犯其国防专利权，引起纠纷的，由当事人协商解决;不愿协商或者协商不成的，国防专利权人或者利害关系人可以向人民法院起诉，也可以请求国防专利机构处理。 　　违反《条例》规定，泄露国家秘密的，依照我国《保守国家秘密法》和国家有关规定处理。