上诉人（原审被告）A公司，住所地浙江省奉化市莼湖镇桐照村。
法定代表人D，董事长。
委托代理人管军，广东天伦律师事务所上海分所律师。
委托代理人文敏，广东天伦律师事务所上海分所律师。
被上诉人（原审原告）B公司，住所地上海市青浦区公园路666弄83号302室。
法定代表人张某，总经理。
委托代理人王鲸，上海市国雄律师事务所律师。
被上诉人（原审原告）C公司，住所地香港特别行政区湾仔谢斐道90号豫港大厦1701室。
法定代表人张某，董事。
委托代理人王鲸，上海市国雄律师事务所律师。
委托代理人翁嘉琦，上海市国雄律师事务所律师。
上诉人A公司为与被上诉人B公司、C公司其他合同纠纷一案，不服上海市长宁区人民法院（2011）长民二（商）初字第136号民事判决，向本院提起上诉。本院于2012年2月14日立案受理后，依法组成合议庭，于同年3月7日对本案公开开庭进行了审理。上诉人的委托代理人管军律师，两名被上诉人的共同委托代理人王鲸律师到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原判认定的法律事实如下：2009年8月4日，案外人新加坡阳光海湾投资控股有限公司（以下简称“新加坡阳光投资公司”）投资登记设立A公司。同月24日，新加坡阳光集团、新加坡阳光投资公司与B公司、C公司签订《宁波“阳光海湾”项目合作协议》（以下简称“《合作协议》”），约定由双方以各自的投资公司为主体共同注资于A公司，以投资宁波阳光海湾项目，投资比例分别为60%和40%，但基于A公司已经成立，新加坡阳光投资公司将通过股权转让形式让C公司获得A公司60%的股权。为此，B公司作为投资方之一，会同A公司与上海市城市规划设计研究院（以下简称“城市设计院”）、上海帕莱宁城市规划设计有限公司（以下简称“帕莱宁公司”）及上海高布亚建筑咨询有限公司（以下简称“高布亚咨询公司”）签订了《技术咨询合同》及《补充协议》等，约定由该三个公司为宁波阳光海湾项目提供规划、设计方案。而B公司又为此共计支付资金人民币750万元（以下币种相同），其中包括支付给高布亚咨询公司的设计费33万元、支付给帕莱宁公司的设计费117万元以及支付给A公司的600万元。
2009年10月29日，原《合作协议》缔约方与A公司共同签订《补充协议》约定：由新加坡阳光投资公司独自投资宁波阳光海湾项目建设，B公司、C公司退出投资合作；A公司退还B公司、C公司已经投入的项目资金750万元，并补偿B公司、C公司225万元，分两次支付。A公司应于2009年11月11日之前退还B公司、C公司本金750万元和补偿费75万元，于2010年11月10日前支付B公司、C公司补偿费150万元；其后，由B公司、C公司负责与之前签订规划委托设计协议的城市设计院、帕莱宁公司及高布亚咨询公司协调，由A公司和上述协议各方共同签署补充协议，并承担B公司、C公司在原协议中承担的责任、义务和权利；A公司应严格按协议约定支付B公司、C公司费用，如不能及时支付，应按照每日千分之三的违约金赔付B公司、C公司；新加坡阳光集团和新加坡阳光投资公司对A公司的付款责任承担连带责任。
A公司于2009年11月27日支付了《补充协议》约定的第一笔825万元的本金和部分补偿费。
2009年12月4日，B公司、C公司委托律师向A公司发函，要求A公司依据《补充协议》之约定，承担第一笔款项延期支付的违约金。A公司于同年12月9日回复了上述函件，称其同意支付以延期16天计算的违约金共计39.6万元，同时要求B公司、C公司提供已投入资金750万元的付款明细及相应的支付凭证；并根据《补充协议》约定与城市设计院等三机构协调，安排签订三方补充协议。
2010年1月，A公司、奉化市阳光海湾开发建设指挥部与城市设计院就宁波阳光海湾项目签订了规划设计合同。