上诉人（原审被告、反诉原告）A公司。
被上诉人（原审原告、反诉被告）B公司。
上诉人A公司（以下简称A公司）因买卖合同纠纷一案，不服上海市徐汇区人民法院（2011）徐民二(商)初字第号民事判决，向本院提起上诉。本院于2012年2月23日受理后，依法组成合议庭，于同年3月14日公开开庭对本案进行了审理。上诉人A公司的委托代理人，被上诉人B公司（以下简称B公司）的委托代理人到庭参加了诉讼。本案现已审理终结。
原审法院查明：B公司、A公司于2009年10月29日签署由A公司拟定的《油品购销合同》，约定B公司向A公司提供15000±10%燃料油，质量为和邦化学所需油，每吨4,425元，送货地点为X公司（以下简称X公司）码头，2009年11月8日前交货；结算方式为，合同单价锁定，装船后根据商检数量预付90%的货款，货送到舟山和邦验收合格根据实际数量及收到B公司的增值税票在5个工作日内支付余款；若B公司不在合同有效期内送到，B公司应按照合同量金额的5%向A公司支付违约金，若在合同有效期内卸货量≤90%合同量，B公司应按未卸量金额的5%向A公司支付违约金，若B公司在合同有效期内没有足够货源供给A公司，B公司应按违约量金额的5%向A公司支付违约金或延长合同有效期。
合同项下的燃料油实际收货人是X公司。X公司在2009年10月21日对燃料油出具了编号WW2009084《分析报告》。
A公司与X公司在2009年10月28日签订合同编号SCCG090129《工矿产品购销合同》，约定A公司向X公司提供15000±10%燃料油、每吨4,450元，交货地点为X公司码头，2009年11月10日前交货，产品质量以合同所附指标（编号WW2009084）为验收依据，若A公司在合同有效期内没有足够货源供给X公司，A公司应按违约量金额的5%向X公司支付违约金或延长合同有效期。
2009年11月5日，涉诉买卖交易的A公司经办人、时为A公司燃料油营销中心执行经理钱红向B公司出具了一份《交货时间变更通知》，通知主要内容为，B公司通知因装货地山东蓬莱港发生严重寒潮使运输船无法停靠运载，无法在11月8日送到交货地点一事，经A公司与收货方X公司协商，同意把交货时间延迟到11月底。嗣后，B公司分三次送货至X公司码头交付货物，X公司分别出具了《船舱重量报告》，报告载明检验日期分别为2009年11月9日至10日、2009年11月22日至23日、2009年11月25日至26日。
B公司于2009年11月29日向A公司开出全部货款增值税专用发票，A公司尚有100万元货款未付。X公司向A公司付清了货款，没有追究A公司违约责任。
B公司于2011年10月14日诉诸原审法院称：B公司、A公司于2009年10月29日签订《油品购销合同》，约定了燃料油的品名、数量、单价、结算方式等，约定的交货时间为2009年11月8日前。该燃料油的实际收货人X公司对燃料油出具了《分析报告》。因为装货地发生寒潮可能会无法装运，故双方变更交货时间为11月底。B公司按约交付货物，但A公司未按约付清货款，应承担违约责任。请求判令：A公司支付燃料油欠款1,000,004.42元；A公司支付自2009年12月5日起至判决生效日止按照中国人民银行同期贷款利率计算的利息（暂计至2011年8月31日金额为94,207.37元）；承担本案诉讼费。
A公司辩称：B公司计算有误，A公司未付款金额应为100万元整。因B公司逾期交货，需向A公司支付违约金3,493,150.09元，故扣除货款仍是B公司应向A公司付款。
A公司反诉称：双方签订的《油品购销合同》约定，B公司应在2009年11月８日前向A公司供燃料油15,000吨，若B公司未在合同有效期内供货，应按合同量总金额的5%支付违约金。B公司是在2009年11月9日、22日、25日分三批向A公司供货，供货总量为15,788.249吨，故应按约向A公司支付违约金。请求判令：B公司支付违约金3,493,150.09元，并负担反诉费。