在办案中，导致超期案件发生的原因可以说是多种多样的。归纳起来，主要有以下几个方面：
一、从思想认识方面看。重实体法轻程序法。认为已经被刑事拘留或逮捕的犯罪嫌疑人、被告人有罪(尤其是那些事实清楚，证据确实的案件)，即使超期羁押也能判刑，判刑后可将超期羁押时间折抵刑期，在这种思想支配下，使超期羁押案件数量增多。二是重打击犯罪，轻保护犯罪嫌疑人、被告人合法权益。认为只要打击了犯罪无论采取什么样的方式方法都无所谓，结果造成变相超期羁押的案件或叫隐性超期羁押案件比较多。如互相借用办案期限或不符合办理延长羁押条件的案件而办理了延长羁押手续等。三是单纯任务观点。认为只要完成办案指标即使出现超期羁押现象也不是什么大不了的事情，正所谓一俊遮百丑。以上这些不正确的思想认识，表面上看是不严格执行《刑诉法》的问题，深层次的原因是与我国多年来民主法制不健全有关，与执法者的执法素质有关。
二、从案件证据方面看。导致超期羁押案件的发生，有以下几种情况：第一种情况在共同犯罪案件中易发生超期羁押案件。共同犯罪案件一般涉案人数比较多，办案单位对其中部分犯罪嫌疑人采取刑事拘留或逮捕强制措施后，案件主犯或从犯在逃，短时期内不能归案，达不到全案全结的要求，以致诉不出，即使勉强诉出去也判不了。第二种情况，犯罪嫌疑人的供述成了定案的主要证据时易发生超期羁押案件。公安机关办案时，犯罪嫌疑人供述的很清楚，但案件到了检察机关审查起诉阶段，犯罪嫌疑人又提出了种种理由推翻原供，以致案件既定不下，又否不了。第三种情况，犯罪嫌疑人归案后，案件的被害人和其他证据也都做了收集，而检察机关复核证据时，被害人不知去向，无法核实。第四种情况，处理重大疑难案件时，易发生超期羁押案件。因为，重大疑难案件的特点是性质严重，涉案人员多、取证难。这类案件对证据的基本要求是供证要一致，各个犯罪嫌疑人的供述不能有矛盾，而且能够相互印证。但有些案件从一开始取证就搞成了“夹生饭”，以致证据之间矛盾很多，很难做到在法定期限内结案。
三、从办案人员的素质和办案经费方面看。案件多、任务重，人员少，素质不高，经费不足，一直是困扰基层政法部门的严重问题。工作中，往往是旧案未结，又来新案，形成了既要办新案又要结旧案的恶性循环。结果给一些本来思想认识就不正确的办案人员提供了超期羁押犯罪嫌疑人、被告人的理由。还有的办案单位，为了回避超期羁押问题，相互借用办案时间，或者找理由办理延长羁押期限，使一些不符合办理延长羁押期限的案件办了延期手续后被搁置一边，而去突击新案。这样做，虽然在形式上看不属于超期羁押，但实际上却产生了超期羁押的后果。再者，办案经费不足的问题，也是造成超期羁押现象的客观因素之一。例如，有的犯罪嫌疑人作精神病鉴定，但又拿不出钱来，办案单位也没有这笔经费，导致案件一拖再拖。
四、从政法各部门之间相互配合、相互协调方面看。有两个问题最为突出：一个是司法解释不太一致。司法实践 中，公、检、法各职能部门的上级机关经常下发一些司法解释方面的文件，以指导办案工作。由于这些文件是单独下发的，因而就出现了对同一法律条文的解释不太一致的情况，造成了一些案件在各诉讼环节上的扯皮现象。二是办案人员对案件认识不一致。有些案件，公安机关认为可以定罪，检察机关则认为不符合起诉条件; 或者法院认为检察机关提起公诉的案件不够定罪判刑的标准等等。由于上述两个问题而造成的互相扯皮现象直接导致了不能在法定期限内办结案件。实践证明：凡是政法各部门之间配合协调比较好的地方，超期羁押案件相对要少，反之，要多一些。
总之，导致超期羁押案件发生的原因既有主观方面的，也有客观方面的。工作中应当全面地看问题，不能头痛医头，脚疼医脚，必须在治本上下功夫，从根本上解决问题。
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