1、行使的机构不同：仲裁是仲裁机构根据当事人双方自愿订立的仲裁条款或达成的书面仲裁协议受理并由仲裁庭对双方当事人的争议事项进行审理和裁决，而行政裁决则是由国家行政机关根据其行政管理职权作出的具体行政行为。
2、受理的根据不同：仲裁机构受理案件是根据当事人双方达成的仲裁协议，其对案件管辖权的取得完全基于当事人双方的授权。而行政裁决则是行政机关根据法律法规授权，行使行政管理职能，实施强制管辖。
3、适用的法律不同：仲裁机构处理争议是根据事实、依据法律规定公平合理地处理纠纷，即在全面、深入、客观地查清与案件有关的事实的基础上，根据有关的法律规定确认当事人双方的权利和义务，法律法规未对有关争议作明确规定时，可以参照经济贸易惯例或者行业惯例来确认责任。而行政裁决则只能根据事实，依据法律、法规、行政规章来确认责任。
4、效力不同：仲裁实行一裁终局。裁决一经作出即发生法律效力。行政裁决作出后，当事人不服可依法申请复议或向人民法院起诉。
5、性质不同：仲裁是对平等主体的公民、法人或其他组织之间发生的合同纠纷和其他财产权益纠纷作出裁决；行政裁决则是由国家行政管理机关依其行政职权，以领导与被领导、管理与被管理之间的隶属关系进行的裁决。
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