公司向员工发放的工资中已包含加班工资，当然公司要举证证明该加班工资的计算标准或是加班工资的数额已有员工确认，在员工否认的情况下，公司应承担举证不能的不利后果。比如公司每月安排员工休息日加班4天时，则公司要和员工约定每月的实发工资中固定包含了加班费用（月工资÷21.75×4×200%）。

　　公司应如何操作呢？在公司给员工的工资条里，要列有加班工资这一栏，并且员工有签收工资条，以此说明公司向员工发放加班费用。

　　2、对员工实行不定时工作制，根据《劳动法》第三十九条的规定，“企业因生产特点不能实行本法第三十六条、第三十八条规定的，经劳动行政部门批准，可以实行其他工作和休息办法”

　　双方在劳动合同中约定适用不定时工作制，当然不定时工作制要获得劳动行政部门批准同意实施，在《劳动部关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》中的第七条规定，“地方企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息的审批办法，由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，报国务院劳动行政部门备案。”不定时工作制适用于因企业生产经营特点而无法按标准时间衡量的员工，对于不定时工作制的实施要进行审批，在审批之后还应按审批的内容予以实际履行才可认定为不定时工作制。因此，仅仅是用人单位和劳动者双方约定实行不定时工作制还不够，用人单位必须先行报批或备案才可以。

　　如果公司没有经过备案，是行政违法，在《劳动合同》约定为无效条款，不应按照不定时工作制核算员工的工作和休息时间，公司和员工之间签订的《劳动合同》应以标准工时看待，即员工应按每天工作不超过8小时、每周工作不超过40小时的正常工作制度上班。

　　这里有伙伴问，加班费用基数是多少呢？根据国务院发布的《国家统计局关于工资总额组成的规定》第三条：“工资总额是指各单位在一定时期内直接支付给本单位全部职工的劳动报酬总额。工资总额的计算应以直接支付给职工的全部劳动报酬为根据。”第四条：“工资总额由下列六个部分组成：（一）计时工资；（二）计件工资；（三）奖金；（四）津贴和补贴；（五）加班加点工资；（六）特殊情况下支付的工资。”同时，依据海南省高级人民法院和海南省劳动人事争议仲裁委员会联合印发的《关于审理劳动争议案件有关问题的联席会议纪要》第19条规定：“劳动者加班工资计算基数应为劳动者正常工作时间的当月工资，包括每月固定发放的奖金、津贴、补贴等货币性收入”，所以员工的加班费用基数应以公司直接支付给员工的全部劳动报酬为根据。

　　另外这里还有一个问题，社保补贴是否属于加班费用基数呢？比如员工入职时，要求公司无需为其代扣代缴社会保险，将相关款项作为保险补助向其直接发放。公司一直按照与员工的约定，将社保补助按月发放给员工，按照有关规定，由于该社保补助是公司没有为员工建立社会保险关系而作出的补贴，该补贴是不应计入员工的工资收入，社保补助不属于加班费用基数。

　　当然公司主张是员工同意无需为其代扣代缴社会保险，要求将社保补助直接向其发放，在员工对此不予认可的情况下，应由公司承担举证责任。

　　公司可以将员工的这项要求在劳动合同中的劳动报酬约定，员工同意公司每月向其支付社保补助而不为其缴纳社保。

　　当然双方关于社会保险的合意一定程度上违反了相关法律的规定，用人单位为劳动者缴纳社保是国家为了保护劳动者合法权益而制定的强制性法律规定，不能以发放社保补助金的形式代替为劳动者缴纳社保，公司仍因依法为员工补缴社保。