员工在公司工作两年，公司只有一年申请不定时，公司是否要支付加班费用？

　　不定时工时制是一种因工作性质和工作职责的限制，劳动者的工作时间不能受固定时数限制，而直接确定职工劳动量的工作制度。对于实行不定时工作制的职工，用人单位应按劳动法的规定，参照标准工时制核定工作量并采用弹性工作时间等适当方式，确保职工的休息休假权利和生产、工作任务的完成。

　　首先，大家都知道，如果公司经批准实行不定时工作制，公司就不用向员工支付加班工资。

　　根据劳动部《关于企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制的审批办法》规定，地方企业实行不定时工作制和综合计算工时工作制等其他工作和休息办法的审批办法，由各省、自治区、直辖市人民政府劳动行政部门制定，报国务院劳动行政部门备案。

　　不定时工时制是要申请的，比如公司给公司所在驾驶员岗位实行不定时工作制。公司要经当地的人力资源和社会保障局批准，公司驾驶员才可以实行不定时工作制。

　　回到我们的主题问题，员工在公司工作两年，如果有一年公司申请实行不定时工作制。但另外一年没有实行不定时工作制。在另外一年里员工有加班，公司是否要支付加班费用？

　　答案是需要支付，不定时工时批复到期失效后，公司未及时停止实行该制度或未及时按规定办理申请的，应当承担相应行政责任，该年度应按标准工时制执行，标准工时代表要支付加班费用。

　　虽然员工的岗位、工作职责、工作时间等内容均未发生改变，但不能视为按原约定继续履行合同，公司未及时进行特殊工时审批，应承担相应的行政责任，如果员工有加班，员工可以主张加班工资。

　　当然，公司未报劳动行政部门审批同意不定时工时制，但员工要证明在该期间存在加班但未予补休的情形。因为依据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释（三）》第九条的规定，劳动者主张加班费的，应当就加班事实的存在承担举证责任。加班的举证责任不能分配给公司，而是由员工提交证据证明存在加班但未予补休的事实。