员工违反保密协议，用人单位可以要求雇员承担违反保密协议约定的违约责任，如果保密协议中约定了违约金，则用人单位可以要求违约的雇员支付违约金。如果违约金畸高或者畸低，双方可以要求适当降低或提高。用人单位也可以选择要求雇员承担赔偿损失的侵权责任。但违约责任与侵权责任不能同时适用，用人单位只能从中选择一种。行政责任根据《反不正当竞争法》的规定，工商行政管理机关有权依法责令停止违法行为，并可以根据情节处以一万元以上，二十万元以下的罚款。同时工商管理机关还可以责令侵权人将载有商业秘密的图纸、软件及其他有关资料返还权利人或销毁。刑事责任根据《刑法》的有关规定，如有以下行为，并且给商业秘密的权利人造成重大损失的，处３年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金，造成特别严重后果的，除３年以上７年以下有期徒刑，并处罚金。