工程款纠纷由被告住所地或者合同履行地人民法院管辖。《民事诉讼法》解释第二十八条第二款的规定:“农村土地承包经营合同纠纷、房屋租赁合同纠纷、建设工程施工合同纠纷、政策性房屋买卖合同纠纷,按照不动产纠纷确定管辖。”建设工程施工合同纠纷,按照不动产纠纷确定管辖。《民事诉讼法》第三十三条规定:“因不动产纠纷提起的诉讼,由不动产所在地人民法院管辖。”