商业秘密的损失包括直接损失和间接损失。直接损失就是权利人因侵权行为而导致产品销量的减少、利润的下降；间接损失是权利人预期合理收入的减少，即可得利益，这是商业秘密在生产、经营、转让等增殖过程中预期可得的利益，是由于侵权行为造成权利人不能正常利用该商业秘密而遭受的。比如，由于侵权行为，导致原来准备向权利人购买这项技术秘密的第三人不再购买，权利人可以收入的技术转让费就是间接损失。
在间接损失中，有一项重要的内容值得大家注意，就是由于侵权人的行为对法人商业信誉的损失，事实上法人为建立商业信誉和产品信誉，会经历一个人力、财力的投入过程，这种信誉会给经营者带来新一轮的经济利益，人民法院在确定侵权人的赔偿责任时，不应该忽略对商誉等无形资产的赔偿。
