规定双方的权利和义务。尤其要说明在分居期间，夫妻双方不再有义务与其丈夫或妻子同居。
协议中要说明子女有谁抚养，抚养费如何承担以及探望权如何行使。
可以对分居期间的财产进行约定，如无约定或无法达成协议，则仍视为夫妻共同财产。双方若同意，可以在协议中规定分居期间双方不再互相享有家事代理权（但无法对抗善意第三人），如果一方违反则要赔偿另一方的损失。双方若同意，可以约定分居期间因为一方而产生的债务一律视为个人债务（同样无法对抗善意第三人），一方如果违反要赔偿另一方的损失。
分居的期限，应以三个月至两年为限，期限届满，如一方当事人依然认为感情无法复合而要求离婚的，可协议离婚或持该协议向法院起诉离婚。
分居的终止。协议分居可基于当事人双方的协议而终止，但应当制作终止分居的书面协议，或办理终止分居的公证。
实践中，几乎所有公证处都没有将分居协议明确列入民事协议公证的范围，当事人如果在当地公证处拒绝受理的情况下，可选择找当地律师事务所律师见证，或两个邻居，同事见证的方式，或者只要双方同时签字认可即可，而不必公证及见证。
