(一)注意区分医疗事故技术鉴定前的调解和医疗事故技术鉴定后的调解
《医疗事故处理条例》第47条规定，医患双方制作的协议书，应当载明双方当事人的基本情况和医疗事故的原因、双方当事人共同认定的医疗事故等级以及协商确定的赔偿数额等，并由双方当事人在协议书上签名。但是在实际工作中，协议书基本上无法载明这些事项，尤其是“医疗事故的原因”、“双方当事人共同认定的医疗事故等级”两项内容。因为按照条例规定，只有医学会才是医疗事故技术鉴定的合法组织，其他任何个人和组织均无权鉴定或者认定医疗事故。如果医患双方发生医疗事故争议纠纷，在没有提交医学会进行鉴定之前，显然无法确定是否属于医疗事故，此时双方协商解决，无法在协议书上载明事故的原因和事故等级，否则就只能理解成当事人协商解决医疗纠纷必须在医疗事故技术鉴定之后进行，这样理解，既不符合法律规定，也不利于纠纷便捷处理。因此，作者理解，这项规定只能适用于已经进行医疗事故技术鉴定的案件。
(二)在协商过程中最好要求患方有懂医的人员参与
双方自行和解成功之后，一方反悔再次起诉，往往导致纠纷久拖不决，不利于民事争议的处理。其中患方提起诉讼的最常见理由就是双方和解中，患方对有关内容存在重大误解，协议内容显失公平，因而要求对协议撤销或者变更协议内容。为了避免这种结果出现，在协商中，最好要求患方有懂医的人员参与，如果患方有懂法的人员参与更好。这样可以最大限度地保证调解协议的效力。
(三)调解协议附加条款——排除一方当事人再次主张协议，否则协议无效
在实践工作中，经常遇到调解协议生效后，患方拿到医方的“补偿”后，再次向法院提起诉讼，要求医疗机构承担赔偿责任。在诉讼中，他们常常主张，患方此前给予的“经济补偿”，与事故争议无关，调解协议属于医疗机构自愿赠与，不能计算在法院的判决额内。对此，如果调解协议中有排除诉讼的约定，即使法院认定双方当事人的调解协议是医疗机构的自愿赠与，也应属于附条件的赠与，《中华人民共和国合同法》第190条规定，附条件的赠与，如果接受赠与的一方不能满足赠与方提出的条件和要求，赠与行为可以撤销。这样可以为医疗机构减少不必要的损失。
